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+TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAA\n\
+CATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGC\n\
+CTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGA\n\
+GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCC\n\
+GTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA\n\
+GGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCC\n\
+CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGC\n\
+TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC\n\
+CGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGC\n\
+CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCA\n\
+CCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA\n\
+AATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCT\n\
+GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCA\n\
+CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGC\n\
+TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGA\n\
+GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
+GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
+CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
+TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
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+GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
+GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
+GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
+TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\
+ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
+CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
+AAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG\n\
+GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
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+GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
+TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
+GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
+GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
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+AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\
+CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\
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+GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
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+GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
+CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
+CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
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+CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\
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+AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\
+GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
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+GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\
+CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT\n\
+GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
+GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
+TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
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+AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\
+TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
+TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
+GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\
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+TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
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+GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
+ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
+TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
+CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
+CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\
+GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
+CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
+GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
+GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
+GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
+GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
+GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
+AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
+GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
+AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
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+ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
+GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
+>TWO IUB ambiguity codes\n\
+cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
+NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\
+cattHWtMMWcStgttaggKtSgaYaaccWStcgBttgcgaMttBYatcWtgacaYcaga\n\
+gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa\n\
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+gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc\n\
+tcttagHVggaYtgtNcDaVagctctctKgacgtatagYcctRYHDtgBattDaaDgccK\n\
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+BKRgNacaactgatttcctttaNcgatttctctataScaHtataRagtcRVttacDSDtt\n\
+aRtSatacHgtSKacYagttMHtWataggatgactNtatSaNctataVtttRNKtgRacc\n\
+tttYtatgttactttttcctttaaacatacaHactMacacggtWataMtBVacRaSaatc\n\
+cgtaBVttccagccBcttaRKtgtgcctttttRtgtcagcRttKtaaacKtaaatctcac\n\
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+aacaHtaagttaRatgaVacttagattVKtaaYttaaatcaNatccRttRRaMScNaaaD\n\
+gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg\n\
+ttHWHacgattBtgVcaYatcggttgagKcWtKKcaVtgaYgWctgYggVctgtHgaNcV\n\
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+gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg\n\
+attaaatBtatgcaaaaatYMctSactHatacgaWacattacMBgHttcgaatVaaaaca\n\
+BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga\n\
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+tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM\n\
+tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR\n\
+tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg\n\
+taaYatcSRctaVtSMWtVtRWHatttagataDtVggacagVcgKWagBgatBtaaagNc\n\
+aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc\n\
+DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\
+VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\
+agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\
+gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
+tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\
+catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt\n\
+tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\
+aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat\n\
+aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac\n\
+acaatagtttVNtataNaYtaatRaVWKtBatKagtaatataDaNaaaaataMtaagaaS\n\
+tccBcaatNgaataWtHaNactgtcDtRcYaaVaaaaaDgtttRatctatgHtgttKtga\n\
+aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM\n\
+acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt\n\
+RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt\n\
+RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta\n\
+tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\
+gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt\n\
+YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc\n\
+ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt\n\
+ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\
+gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\
+KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD\n\
+aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg\n\
+gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\
+taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\
+VWttctttgYMaYaacRgHWaattgRtaagcattctMKVStatactacHVtatgatcBtV\n\
+NataaBttYtSttacKgggWgYDtgaVtYgatDaacattYgatggtRDaVDttNactaSa\n\
+MtgNttaacaaSaBStcDctaccacagacgcaHatMataWKYtaYattMcaMtgSttDag\n\
+cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\
+ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg\n\
+tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\
+aHcctgaaHacSgaataaRaataMHttatMtgaSDSKatatHHaNtacagtccaYatWtc\n\
+actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\
+tattatgtDVagDVaRctacMYattDgtttYgtctatggtKaRSttRccRtaaccttaga\n\
+gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa\n\
+BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca\n\
+aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata\n\
+aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\
+YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt\n\
+aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW\n\
+cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata\n\
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+MMDtMactattattgWMSgtHBttStStgatatRaDaagattttctatMtaaaaaggtac\n\
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+NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa\n\
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+cDcttHtcMtWWattBHatcatcaaatctKMagtDNatttWaBtHaaaNgMttaaStagt\n\
+tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa\n\
+RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt\n\
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+ttVaataNctgHgttaaNBgcVYgtRtcccagWNaaaacaDNaBcaaaaRVtcWMgBagM\n\
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+BtRgctaKtgcScSttDgYatcVtggaaKtaagatWccHccgKYctaNNctacaWctttt\n\
+gcRtgtVcgaKttcMRHgctaHtVaataaDtatgKDcttatBtDttggNtacttttMtga\n\
+acRattaaNagaactcaaaBBVtcDtcgaStaDctgaaaSgttMaDtcgttcaccaaaag\n\
+gWtcKcgSMtcDtatgtttStaaBtatagDcatYatWtaaaBacaKgcaDatgRggaaYc\n\
+taRtccagattDaWtttggacBaVcHtHtaacDacYgtaatataMagaatgHMatcttat\n\
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+taacccgtaataaggatcaagactcggtactagctttactatcattccctatgtgttttc\n\
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+aaaacttataggctggtatatcgagccttcctagcgcaatttcggatggggtttcttcta\n\
+ctactcaacaacggaatagtctttgtttagtaaaccagagctcaggacgcccaatacgta\n\
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+tgctaaacgatagatcataacatgtcctgagtaaattttcttgatacgtcgcaatatacc\n\
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+ccgtaatcctctagacatcgtttaccaataaatccgctttctccgtaatcatgttgaata\n\
+ccccagagtagtccagatgataaccgatgaaacacaagtctttctcaatgcacttacggt\n\
+gaacttattaccgccaacgtagctcatcaaggttgcgacatctagttgtgtgtttgcgac\n\
+gagcccagcgaacttcatcaactttcgtatattcaacgccttgtaattttactttaagac\n\
+gcctggtgatgtagattcttagataatcagtttgttatcggctgtactttaccataattt\n\
+cacaggtttcaggtcaagaagattatagctgtatatacagttccatgctcggtgcacaga\n\
+aacgtgatcggataataatcaatcgcttatgtcgtctttaggcgtatccaatacatgccc\n\
+cgataccgcagtgtatttcgacatgtaggtataccgtcgcatttgagctcgagtcaggac\n\
+gtcagctagattagattccttaatagaatataccgacctctagtccgaactaaactatag\n\
+ataacgccaacttcaggttaattgtctagtcgtctgtttgcagatgggattcttagatga\n\
+gtgagtatcggccatattggttcgagcactttagtttttgatgcataggatatgcaatgt\n\
+atagctgaaagtactttatctgtttcaaactcacattgattaaaccggtaaacctttaaa\n\
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+acttcacaatttgtcttgaggctacgcaacattagacggattttcgcgttttattgaaat\n\
+aatcgaggggcccaagagtatccatagttcattttgtaagatttctttacaggcttatta\n\
+cagcttcttcagactcctacatgcttacgagttatatgctagcatgtgaacaatagatta\n\
+atatacaggaaaacgtacattgagagagatgaccctacacagcgcaaccgttgagtactt\n\
+tcattaaagggtaacgctctcgagacagcatccttaagatggccttattgtcaaatcatt\n\
+tgcagaagtacgcaagatccctaaccaacgtagaagaatccctacaaacacatgagacgc\n\
+ggtgaaaatagacagggtgttagtattcaatcttcggagtatcaatttcgccaatcttgg\n\
+tgagaaagcataccctttcttcagagaaagaagatcaatcataacactatctttaacgag\n\
+gtacgcacgcgcatcattacctgcctccatggatctttaggatagcggaaagtattggca\n\
+gcgtattgtgatttcgttcctactttatcaatttcacattcatatacatgtcttttatca\n\
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+tataactctctcttaagtttggaggcagtaacgcgctctatataatcagtttgctgcacc\n\
+attcttcagcctctgatacatacaaataaattccacagcagtaagagggtttaattgaga\n\
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+taaacgaactttctcaaggcagtaatataggacatccgcaataacacaaatgctgcctcc\n\
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+tctgccgatggtgccatcctattcaaagaatttcttaaaagtagattaaatgggactttt\n\
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+ggattggaggaataatagctgggtaagtccccttgcgtctacaatcgactattttttatg\n\
+aatatgcttctgccgcacctatggttattaaaaaagtcatgactttgaagaaccctgaaa\n\
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+gaacattatagatatgatgatagcgatcgtcatgatgttatccggtcacaatagtagctt\n\
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+tgcggcctgcctccatattcaagtgtatcttaaaccaagtggttccaacgctcgcgctaa\n\
+agaattaaagcctttatttcctccacggagtagcccgtaatccggttcgaaagagaccat\n\
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+gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\
+catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
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+tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
+gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
+cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
+gagatacctttgcaattttt\n";
+
+dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
+
+var ilen, clen,
+ seqs = [
+ /agggtaaa|tttaccct/ig,
+ /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
+ /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
+ /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
+ /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
+ /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
+ /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
+ /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
+ /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
+ subs = {
+ B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
+ M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
+ V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
+
+ilen = dnaInput.length;
+
+// There is no in-place substitution
+dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
+clen = dnaInput.length
+
+var dnaOutputString = "";
+
+for(i in seqs)
+ dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
+ // match returns null if no matches, so replace with empty
+
+for(k in subs)
+ dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
+ // search string, replacement string, flags
+
+
+var _sunSpiderInterval = new Date() - _sunSpiderStartDate;
+
+document.getElementById("console").innerHTML = _sunSpiderInterval;
+</script>
+
+
+</body>
+</html>